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嗜热四膜虫功能基因组数据库

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嗜热四膜虫功能基因组数据库

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嗜热四膜虫功能基因组数据库

作者发表的论文

1 凡口铅锌矿湿地处理系统的土壤原生动物
冯伟松,杨军,叶志鸿,缪炜,余育和,黄铭洪,沈韫芬. 动物学杂志[J],2004,39(1),2-11

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 15

2 四膜虫:毒理学与生态毒理学研究中的优良模式生物
傅诚杰,俞婷,缪炜,沈韫芬. 动物学杂志[J],2005,40(1),108-113

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 10

3 上海四膜虫和两株嗜热四膜虫的rRNA基因ITS-1序列及分子系统关系
沈韫芬,缪炜,余育和. 动物学研究[J],2001,22(4),265

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 7

4 中国淡水与土壤有壳肉足虫最新分类名录及其区系分析
杨军,冯伟松,缪炜. 水生生物学报[J],2004,28(4),426-433

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 7

5 利用微量热法研究Cd2+和Cu2+对嗜热四膜虫(Tetrahymena thermophila)的毒性效应
陈小娟,沈韫芬,刘义,冯伟松,缪炜. 应用与环境生物学报[J],2004,10(6),745-749

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 7

6 纤毛虫分子系统发育学的研究进展
缪炜,余育和,沈韫芬. 动物学杂志[J],2002,37(1),67-71

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 5

7 螅状独缩虫种内分子系统地理学的研究
缪炜,余育和,沈韫芬,张锡元. 中国科学. C辑, 生命科学[J],2003,33(2),151-159

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 5

8 利用三种分子标记研究缘毛类纤毛虫的系统发育地位
缪炜,张锡元,余育和,沈韫芬. 动物学研究[J],2003,24(1),1-10

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 4

9 四膜虫omc基因的克隆及在滴滴涕(DDT)暴露下的表达分析
郭利娜,俞婷,冯立芳,缪炜. 应用与环境生物学报[J],2010,16(2),216-221

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 3

10 螅状独缩虫(Cachesium polypinum)遗传多样性的RAPD分析
孙?,郑翌,缪炜,吴海,沈韫芬,李晓迎,余育和,张锡元,晏婷婷. 生物多样性[J],2000,8(3),257

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 3

11 镉和铜对嗜热四膜虫金属硫蛋白基因的诱导表达
俞婷,缪炜,万明亮,沈韫芬,傅诚杰. 动物学报[J],2005,51(6),1115-1121

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 3

12 两种缘毛类纤毛虫胞质Hsp70基因序列的克隆及其系统发育分析
傅诚杰,缪炜,沈韫芬,万明亮. 动物学研究[J],2004,25(4),298-303

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 2

13 不同纬度螅状独缩虫耐热能力及Hsp70 mRNA表达水平的比较
冯立芳,缪炜. 动物学报[J],2008,54(3),525-530

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 2

14 四膜虫基因表达数据库:四膜虫全基因组基因表达芯片和协同表达分析的数据资源
熊杰,陆星亦,陆钰明,曾宏辉,袁冬霞,冯立芳,畅悦,BOWEN Josephine,GOROVSKY Martin,傅诚杰,缪炜. 中国科学. 生命科学[J],2010,40(12),1087-1089

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 2

15 嗜热四膜虫五个hsp70基因的表达分析
冯立芳,畅悦,袁冬霞,缪炜. 动物学研究[J],2011,32(3),267-276

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 2

16 有污染物二氯二苯三氯乙烷、三丁锡和2,3,7,8-四氯二苯并二噁英暴露下的四膜虫毒理因组学研究
畅悦,冯立芳,缪炜. 中国科学. 生命科学[J],2011,41(6),502-511

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 2

17 6种累枝虫(Epistylis)rRNA基因18S-ITS1序列及其分子系统发育关系
缪炜,张锡元,余育和,沈韫芬. 中国科学. C辑, 生命科学[J],2002,32(2),138-145

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 1

18 嗜热四膜虫SP011基因缺陷型细胞株的基因表达变化分析
张晶,闫冠雄,田苗,二袁冬霞,熊杰,缪炜. 基因组学与应用生物学[J],2016,35(2),350-357

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 1

19 嗜热四膜虫可变剪接基因鉴定及功能分析
缪炜,袁冬霞,宁应之,赵康平,熊杰. 基因组学与应用生物学[J],2015,34(1),17-27

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 1

20 嗜热四膜虫金属硫蛋白基因MMT2和MTT4的表达规律比较与进化模式分析
畅悦,冯立芳,熊杰,缪炜. 动物学研究[J],2011,32(5),476-484

数据来源:CSCD中国科学引文数据库      CSCD      被引次数: 1

嗜热四膜虫功能基因组数据库

杨文涛1, 2,王光营1, 2,田苗1, 2,袁冬霞1,缪炜1,曾宏辉1,熊杰1*

1. 中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室,武汉 430072;

2. 中国科学院大学,北京 100049

*  通讯作者(Email: xiongjie@ihb.ac.cn)

摘要:嗜热四膜虫是一种单细胞真核生物,因其可在实验室纯培养、具有成熟的分子操作技术和清晰的遗传背景,而成为一种广泛研究的模式生物。高通量技术的发展和生物信息分析方法的建立,使得四膜虫功能基因组的研究取得了较大进展。在此背景之下,基于四膜虫3个主要生理和发育时期(生长、饥饿及接合生殖)的基因芯片和转录组测序(RNA-seq)数据及基因网络的分析结果,构建了嗜热四膜虫功能基因组数据库,为四膜虫研究提供了重要资源。

关键词: 嗜热四膜虫;功能基因组;基因芯片;转录组测序;基因网络

Tetrahymena thermophila Functional Genomics Database

Yang Wentao, Wang Guangying, Tian Miao, Yuan Dongxia, Miao Wei, Zeng Honghui, Xiong Jie

Abstract: Tetrahymena thermophila is an excellent unicellular eukaryote. Since T. thermophila could be purely cultured in the lab, well established molecular and genetic techniques and clear genetic background, it has been used as a good model organism for a long time. As the development of high-throughput technology and the establishment of bioinformatics analysis methods, Tetrahymena functional genomics studies have achieved great advancement. Based on this, we analyzed the microarray and RNA-Seq data in T. thermophila, construct the gene network, and established the T. thermophila functional genomics database. Through the integration of RNA-seq, the data of microarray and gene network, we constructed T. thermophila Functional genomics database to provide important resources for the research of Tetrahymena.

Keywords: Tetrahymena thermophila; Functional genomics; RNA-seq; Microarray; Gene network

数据库(集)基本信息简介

数据库(集)中文名称

嗜热四膜虫功能基因组数据库

数据库(集)英文名称

Tetrahymena Functional Genomics Database(TetraFGD)

关键词

嗜热四膜虫,功能基因组,RNA-seq,基因芯片,基因网络

通讯作者

熊杰(xiongjie@ihb.ac.cn)

数据作者

杨文涛、王光营、田苗、袁冬霞、缪炜、曾宏辉、熊杰

数据格式

SQL、BAM

数据量

6.12 GB

数据出版单位

中国科学院水生生物研究所

数据服务系统网址

http://tfgd.ihb.ac.cn,

http://www.sciencedb.cn/dataSet/handle/10

基金项目

中国科学院信息化专项

科技数据资源整合与共享工程项目(XXH12504-3-14)

数据库(集)组成

包含了嗜热四膜虫对数生长期、饥饿处理3小时、饥饿处理15小时、接合后2小时和接合后8小时的RNA-seq数据,3个生理时期(生长、饥饿和接合生殖)20个时间点的基因芯片数据集,基于基因芯片的分析结果构建的基因网络数据集

引 言

嗜热四膜虫是一种单细胞真核生物,在分类地位上隶属于原生动物门纤毛纲,因其可在实验室条件下纯培养、具有成熟的分子操作技术和清晰的遗传背景而成为一种广泛研究的模式生物。它与大多数纤毛虫一样,具有一大一小两个核。小核是生殖核,二倍体,具有5对染色体,在营养生长阶段不表达,其功能类似于多细胞生物中的生殖细胞;大核由小核发育而来,也称营养核,多倍体,大约有225条染色体,具有转录活性[1]。尽管嗜热四膜虫大核基因组在2006年就测序完成了[2],并建立了相应的数据库,但是嗜热四膜虫功能基因组方面研究的数据相对匮乏。

随着基因芯片平台的建立和高通量测序技术的发展[1,3],这些技术为四膜虫功能基因组的研究提供了新的机遇。嗜热四膜虫基因芯片的建立有利于在全基因组水平对不同生理条件下的四膜虫基因表达情况进行研究。而高通量RNA-Seq测序技术一方面可以获得某一生理条件下基因更全面、更详细的转录信息,另一方面也可以极大地提高预测基因模型的精度。

本研究通过整合嗜热四膜虫3个主要生理和发育时期(生长、饥饿及接合生殖)6个样品的RNA-seq数据和20个时间点的基因芯片数据以及根据不同基因的表达谱构建的基因网络数据,构建了四膜虫功能基因组数据库。

1 数据采集和处理办法

嗜热四膜虫功能基因组数据库可以通过http://tfgd.ihb.ac.cn和http://www. sciencedb.cn/dataSet/handle/10在线访问和查询,主要包括3个数据集:RNA-seq、基因芯片数据集、基因网络。该数据库的数据采集和处理方法主要包含以下流程,如图1所示。

1 数据集生成与分析流程图

1.1 样品制备

样品制备主要包括两个步骤:

1. 样品准备

嗜热四膜虫野生型细胞株B2086和CU428由康奈尔大学的P. J. Bruns博士提供。这两株细胞系都有近交系B型遗传背景,与用于基因芯片分析中设计探针所采用的大核基因组序列SB210株系的遗传背景一样。生长条件下,将细胞培养在1XSPP培养基中,放置在30 ℃、150 rpm的恒温摇床中;饥饿条件下,将细胞置于pH为7.5、浓度为10 mM的Tris溶液中静置;接合生殖条件下,将两种饥饿18小时后的不同交配型的细胞进行等细胞数混合,最终保持细胞密度为2×105 cells/ml[2]

对于生长时期进行基因芯片分析的细胞,我们采用了3种不同密度下的CU428型细胞株,分别编号为低(L-l)、中(L-m)、高(L-h)。低(L-l)浓度下的细胞密度约为1×105 cells/ml,对应培养条件下的对数生长期;中(L-m)浓度下的细胞密度约为3.5×105 cells/ml,对应培养条件下的缓慢生长期;高(L-h)密度下的细胞密度约为1×106 cells/ml,对应培养条件下的稳定期。对于饥饿时期的细胞,我们收集细胞密度约为2×105 cells/ml的CU428型细胞,用pH为7.5的10 mM Tris溶液清洗和处理细胞,分别收集饥饿0、3、6、9、12、15和24小时后的细胞,对应编号为S-0、S-3、S-6、S-9、S-12、S-15和S-24。对于接合生殖时期的细胞,我们将密度为2×105 cells/ml经Tris溶液饥饿处理18小时后的CU428型细胞和B2086型细胞等细胞数混合,分别收集混合后0、2、4、6、8、10、12、14、16、18小时后的细胞,对应编号为C-0、C-2、C-4、C-6、C-8、C-10、C-12、C-14、C-16和C-18[1]

对于进行RNA-seq的细胞,选取了SB4217(交配型Ⅴ)和SB4220(交配型Ⅵ)两种细胞株进行分析。生长条件下,收集对数生长期(3.5×106 cell/ml)的细胞株SB4220;饥饿条件下,分别收集饥饿3小时的细胞株SB4217(交配型Ⅴ)和细胞株SB422015(交配型Ⅵ)以及饥饿15小时的细胞株SB422015(交配型Ⅵ);接合生殖条件下,收集等细胞数混合后2小时和8小时的细胞[3]

2. RNA提取

对于进行RNA-seq和基因芯片分析的样品而言,RNA的提取方法一样,均采用从Qiagen公司购买的RNA试剂盒,并根据试剂盒中提供的方法对样本中的RNA进行提取。

1.2 RNA-seq数据采集与处理

RNA-seq数据采集和处理主要包含两个步骤:

1. 文库准备与测序

使用Dynal磁珠分离含有ployA尾巴的mRNA,并加热到94℃使其片段化。以mRNA为模版,加入随机六聚体引物和反转录酶合成cDNA;以cDNA为模版,加入DNA聚合酶和随机六聚体引物,合成双链DNA。对双链DNA进行末端修复,并在3’端加上腺苷酸,然后连接上Illumina接头序列,并通过凝胶电泳分离大小为200~250 bp的DNA片段。文库使用Phusion聚合酶进行PCR扩增。测序文库经NaOH变性后,在杂交缓冲液中稀释并上样到Illumina GA流动槽的一个单道上。根据Illumina公司推荐的方法,选取专用试剂进行簇形成、引物杂交和双端测序[3]

2. 数据分析

测序图像的分析使用Firecrest、Bustard和GERALD程序(Illumina),读段末端低质量碱基(测序质量值小于5)被剪掉。嗜热四膜虫大核基因组序列可以从网站http://ciliate.org/index.php/home/downloads下载,其中包含了1148条骨架序列(Scaffolds)。使用Tophat程序(https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml)将测序的读段比对到参考基因组上,以寻找外显子-外显子的连接点,Tophat版本为1.1.4,使用的参数为-I 10、-I 10000、-coverage-search、-microexon-search、-m 2。对于Tophat未比对上的读段,通过Mummer3.0程序包(http://sourceforge.net/projects/mummer/files)中的Nucmer程序,选取的参数为-c 25、-l 15、-g 10000,将此部分读段比对到参考基因组上以寻找跨越了两个或多个的外显子-外显子连接点。转录本的拼接使用Cufflink软件(http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks),软件版本为0.9.2,使用的参数为-l 10000、-min-intron-length 10。拼接好的转录本使用Cufflinks程序包中的cuffcompare与预测的基因结构进行比较,以确定并提高基因结构。对于新发现的转录本可以通过EMBOSS程序包(http://emboss.sourceforge.net/download)中的Getorf程序进行读码框的寻找,帮助发现新的基因[3]

对于RNA-seq数据中基因表达水平分析,可以通过每百万读段中来自某一个基因外显子区域每千碱基长度的读段数目(RPKM)来表示基因的表达水平。每一条转录本读段数目可以通过HTSeq软件(http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/overview.html)计算[3]

1.3 基因芯片数据采集与处理

基因芯片数据采集与处理主要包含以下三个步骤:

1. 样品标记和探针设计

采用罗氏NimbleGen系统进行cDNA合成和Cy3荧光标签的添加,即对每个样品取等量的总RNA,使用SuperScript II cDNA合成试剂盒(Invitrogen,Carlsbad,CA)合成双链cDNA[1]

根据从J. Craig Venter Institute(http://www.tigr.org/tdb/e2k1/ttg)获得的SB210基因组序列以及注释信息,构建了包含28 064条嗜热四膜虫序列的全基因组高密度寡核苷酸DNA芯片,其中包含2006版预测的27 055条蛋白编码基因。对每一条蛋白编码序列,采用罗氏NimbleGen系统设计13或14个长度为60的寡核苷酸探针,探针与靶序列之间不允许有错配[1]

2. 芯片合成、杂交

通过罗氏NimbleGen系统,采用无膜光蚀刻方法合成嗜热四膜虫全基因组范围的寡核苷酸DNA芯片。利用NimbleGen系统将芯片与不同条件下样本的cDNA进行杂交。对于生长条件和饥饿条件下的样品,分别进行3次重复;接合生殖条件下的样品进行2次重复[1]

3. 数据提取和分析

采用罗氏NimbleGen系统的GenePix4000B芯片扫描仪对杂交后芯片进行扫描,并用NimbleScan软件提取扫描后的结果。每一个蛋白编码基因探针表达值的标准化采用RMA(Robust Multi-array Average)方法[1]

1.4 基因网络数据采集和处理

基因网络构建主要包含以下两个步骤:

1. 芯片数据与基因过滤

用于构建基因网络的数据主要包括了嗜热四膜虫生长、饥饿和接合生殖3个主要生理时期全基因组水平基因表达芯片的数据集,共67个NimbleGen单通道芯片[4]

为了去除低信息量的基因,基于样品间的差异和最小的基因表达信号,过滤掉的基因必须同时满足以下两个标准[4]

1)平行样品间某一个基因表达值差异(Exphighest-lowest)小于每一个基因计算的样品间所有表达值差异的中值(median Exphighest-lowest);

2)样品间某一个基因平均表达信号小于每一个基因计算的样品间所有基因平均表达信号的中值。

经过此标准过滤后,共有15 091个基因用于构建基因网络[4]

2. 网络构建

将15 901个基因的表达值进行以2为底的对数转换,采用CLR算法(http://omictools.com/clr-s2342.html)构建基因网络[45]

2 数据样本描述

2.1 数据库结构

基于嗜热四膜虫基因组及其注释信息,构建了一个以基因为核心的关系型数据库,可以根据基因名对基因不同时期的表达值及其与其他基因相互作用的关系进行检索。

数据库由3部分组成:

1. RNA-seq数据库。包含了每个基因在对数生长期、饥饿处理3小时、饥饿处理15小时、接合后2小时和接合后8小时的转录情况,并给出了每个基因的表达值。

2. 基因芯片数据库。包含了每个基因在3种不同生长密度下,饥饿0、3、6、9、12、15、24小时后和接合生殖后0、2、4、6、8、10、12、14、16、18小时,这3个主要生理时期共20个时间点的基因表达值。

3. 基因网络数据库。包含了根据基因表达水平构建的基因之间的相互作用关系。

为了便于用户使用,3个数据库均可以直接通过基因名进行查询。

2.2 数据样本

RNA-seq数据库的数据量较大,为了说明数据集的具体特征,通过以基因TTHERM_00360310为例搜索RNA-seq数据库,可以得到不同条件下转录的读段在基因组上面的位置以及基因的表达值(RPKM),如图2所示。

2 TTHERM_00360310为例搜索的RNA-seq数据GBrowse可视化

基因芯片数据主要描述了蛋白编码基因在3个主要生理时期不同时间点下基因的表达值,同样以基因TTHERM_00360310为例搜索Microarray数据库,如图3所示,红线和蓝线分别表示两种不同标准化方法得到的表达值。

3 TTHERM_00360310为例搜索Microarray数据得到的基因表达谱

基因网络数据描述了基因之间相互作用关系。以TTHERM_00360310为例搜索基因网络数据库,如表1所示,一列为目的基因;另外一列为与目的基因有相互作用的基因;第三列为经CLR算法得到的Z-score,Z-score越大表示两个基因之间相互作用的可能性越高。

1 TTHERM_00360310搜索得到基因网络信息

3 数据质量控制和评估

样品制备过程中,提取的RNA的浓度可以通过NanoDrop ND-1000分光光度计进行测定,260/280的比率应该在1.8~2.1范围内。为了保证实验所用RNA的质量,通常可以通过Bioanalyzer1000检查RNA的完整性[1]

对于RNA-seq得到的原始读段,可以通过软件FASTX-Toolkit(http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit)对数据质量进行控制。

基因芯片杂交过程中,由于样品准备、芯片合成和加工过程中,会导致探针与靶序列之间非特异性的结合,所以需要考虑背景噪声对实验的影响。为了测定背景杂交水平,设计了4308个随机生成的长度和GC含量与嗜热四膜虫基因芯片探针类似的寡核苷酸探针。当背景杂交信号强度确定后,通过消减每一个嗜热四膜虫芯片探针的背景值,得到最终的杂交信号强度。通过对杂交信号采用RMA(Robust Multi-array Average)方法进行标准化,得到每一个基因在3个主要生理时期不同时间点的表达值,从而绘制四膜虫全基因组水平的表达谱[1]

基因网络构建中,需要对不同方法构建的基因网络进行评价,我们采用了3种方法用于构建基因网络:CLR(context likelihood of relatedness)算法;PCC(Pearson correlation coefficient);SCC(Spearman correlation coefficient)。对于PCC和SCC两种方法,选用相关系数作为相应的阈值;而对于CLR方法,通过Z-score确定其阈值[4]

为了确定最优的构建基因网络的方法,我们采用酵母蛋白复合物的数据去证实和评价构建的基因网络。酵母蛋白复合物的数据可以通过网站http://www.inetbio.org/yeastnet/downloadnetwork.php下载,该网站提供了最新的经实验证实和计算识别到的酵母蛋白复合物。选取了酵母中最大的4个蛋白复合物(核糖体大亚基、核糖体小亚基、20S蛋白水解酶体核心颗粒和19S蛋白水解酶体调节颗粒)的相互作用为标准去评价3种网络构建方法的效果。评价的指标主要包括3个参数:准确度(p),覆盖度(r)和整体的效果(F-score)。准确度(p)表示预测的相互作用中为正确的所占的百分比,计算公式如下:

覆盖度(r)表示每种方法中构建的网络中预测正确的相互作用占所有预测正确的相互作用的百分比,计算公式如下:

整体的效果(F-score)考虑了准确度(p)和覆盖度(r)两个方面,具体计算公式如下:

在不同相关系数(相关系数)或Z分值置信水平(CLR方法)下计算p值、r值和F-score值,确定了CLR整体表现最优[4]

4 数据使用方法和建议

本数据库通过Mysql进行数据存储,使用时可以通过关键词,如基因编号或者是转录本编号直接查看相关数据库中的内容。此外,本数据库整合了在线Blast搜索工具,可以通过比对寻找嗜热四膜虫RNA-seq数据库中对应的转录本信息。

致 谢

感谢罗切斯特大学的Martin Gorovsky教授和加州大学圣塔芭芭拉分校的Eileen Hamilton博士在基因芯片设计方面提出的宝贵建议。

作者分工职责

杨文涛(1990—),男,湖北洪湖市人,硕士,研究方向为基因组学。主要承担工作:四膜虫组学数据分析、数据管理。

王光营(1990—),男,河南信阳市人,博士,研究方向为基因组学。主要承担工作:四膜虫组学数据分析、数据管理。

田苗(1988—),男,湖南吉首市人,博士,研究方向为分子生物学。主要承担工作:四膜虫组学数据生成。

袁冬霞(1984—),女,湖北黄石市人,硕士,研究方向为分子生物学。主要承担工作:四膜虫组学数据生产。

缪炜(1974—),男,新疆石河子市人,博士,研究员,研究方向为原生动物学。主要承担工作:四膜虫组学数据统筹管理。

曾宏辉(1973—),男,湖南常德市人,硕士,高级工程师,研究方向为数据库、软件开发、生物信息学。主要承担工作数据库的构建、维护与管理:

熊杰(1984—),男,湖南长沙市人,博士,助理研究员,研究方向为基因组学。主要承担工作:四膜虫组学数据收集、分析、整理。

参考文献

[1]  Jonathan A. Eisen, Robert S. Coyne, Martin Wu, et al. Macronuclear genome sequence of the ciliate Tetrahymena thermophila, a model eukaryote[J]. PLoS Biol.2006, 4: e286.

[2]  Miao Wei, Xiong Jie, Bowen Josephine, et al. Microarray Analyses of Gene Expression during the Tetrahymena thermophila Life Cycle[J]. PLoS ONE, 2009, 4(2): e4429.

[3]  Xiong Jie, Lu Xingyi, Zhou Zhemin, et al. Transcriptome Analysis of the Model Protozoan, Tetrahymena thermophila, Using Deep RNA Sequencing[J]. PLoS ONE, 2012, 7(2): e30630.

[4]  Xiong Jie, Yuan Dongxia, Fillingham,J.S. et al. Gene Network Landscape of the Ciliate Tetrahymena thermophila[J]. PLoS ONE, 2011, 6(5): e20124.

[5]  Faith J J, Hayete B, Thaden J T, et al. Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from acompendium of expression profiles[J]. PLoS Biol., 2012, 5: 54~66.

引用数据

(1) 杨文涛, 王光营, 田苗, 袁冬霞, 缪炜, 曾宏辉, 熊杰. 嗜热四膜虫功能基因组数据库[DB/OL]. Science Data Bank. DOI: 10.11922/sciencedb.180.10.

 

引文格式:杨文涛, 王光营, 田苗, 袁冬霞, 缪炜, 曾宏辉, 熊杰. 嗜热四膜虫功能基因组数据库[J/OL]. 中国科学数据, 2016, 1(2). DOI: 10.11922/csdata.180.2015.0011.

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