中国生物多样性数据集专题 II 区论文(已发表) 版本 ZH4 Vol 3 (1) 2018.
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云南省种子植物名录数据集
The catalogue of seed plants in Yunnan Province
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: 2017 - 09 - 28
: 2017 - 10 - 27
: 2018 - 03 - 01
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摘要&关键词
摘要:生物物种名录是一个自然地理区域或行政区域的生物区系本底性的基础资料,是生物多样性研究、保护和合理利用的前提。然而各类分类学文献所采用的观点和分类系统可能并不一致,并且随着植物分类学和系统学等研究的深入、新类群的不断发表以及新记录类群的不断发现导致分类学处理差异。因此,生物物种名录的编目是一个需要及时更新的动态过程。本数据集在整理《云南植物志》《云南种子植物名录》《中国植物志》等各类志书、专著、报告、标本馆和野外考察成果等分类学资料的基础上,通过科学的数据处理和专家审核,按照最新的分类系统,并结合最新的研究结果,完成了云南种子植物(2016版)编目。本数据集包括云南省种子植物253科2392属16064种(含种下等级,不含种下等级的物种数为14538种)。其中,云南省裸子植物9科25属113种(含种下等级,不含种下等级的物种数为105种);被子植物244科2 367属15951种(含种下等级,不含种下等级的物种数为14433种)。数据集的每个名称包括拉丁科名、中文科名、学名、中文名4个字段。云南省种子植物名录(2016版)数据集是迄今为止云南省最权威、最准确的种子植物名录,为开展云南省种子植物的科学研究、有效保护、合理利用和管理提供了科学依据,对保护云南省生物多样性具有重要的意义。
关键词:云南;种子植物;名录
Abstract & Keywords
Abstract: Species catalogue provides basic data of a biota in a natural geographical region or an administrative division, and is the premise of biodiversity research and conservation, as well as the rational utilization of botanic resources. However, because of ongoing advances of plant taxonomy and systematics research, and different taxonomist viewpoints, botanical references adopt different plant systems and taxonomy. Species catalogue therefore needs continuous updates. This study conducts a rigorous evaluation and review of the source data collected from Flora of Yunnan, Checklist of Yunnan Seed Plants, Flora of China and other taxonomic references ranging from monograph, herbarium to field investigation, through which the catalogue of seed plants in Yunnan Province (version 2016) was built. This is the most authoritative and accurate catalogue recording information of seed plants in Yunnan so far, which can not only facilitate the research, conservation, and rational utilization of seed plants, but also provide a basis for biodiversity management and policy-making. The dataset covers 16,064 species of seed plants in Yunnan, which fall to 2,392 genera under 253 families. These include 113 species of gymnosperms (including infra-species, 105 when infra-species are excluded) affiliated to 25 genera under 9 families, and 15,951 species of angiosperms (including infra-species, 14,433 when infra-species are excluded) affiliated to 2,367 genera under 244 families. The dataset consists of four parts of data: family name in Latin, family name in Chinese, species name in Latin and species name in Chinese.
Keywords: Yunnan; seed plants; catalogue
数据库(集)基本信息简介
数据库(集)名称云南省种子植物名录数据集
数据作者陈家辉、邓涛、张代贵、乐霁培、周卓、孙露、李彦波、李文庆、史鸣明、孙航
数据通信作者孙航(sunhang@mail.kib.ac.cn);
陈家辉(chenjh@mail.kib.ac.cn)
地理区域云南(东经97°31′~106°12′,北纬21°08′~29°15′)
数据量6.79 MB
数据格式*.pdf
数据服务系统网址http://www.sciencedb.cn/dataSet/handle/489
基金项目云南省环境保护厅(2016年),云南生物物种名录审核,530007081508006;中国科学院昆明植物研究所特色研究所服务项目(iFlora与综合服务);中国科学院昆明植物研究所自主部署重大专项(2016–2017年),植物全息数据库与iFlora,KIB2016005。
数据库(集)组成数据集包括云南省种子植物253科2 392属16 064种(含种下等级)。其中,云南省裸子植物9科25属113种(含种下等级),被子植物244科2 367属15 951种(含种下等级)。数据内容由4部分数据组成,分别为拉丁科名、中文科名、学名、中文名。
Dataset profile
TitleThe catalogue of seed plants in Yunnan Province
Data authorsChen Jiahui, Deng Tao, Zhang Daigui, Le Jipei, Zhou Zhuo, Sun Lu, Li Yanbo, Li Wenqing, Shi Mingming, Sun Hang
Data corresponding authorsSun Hang (sunhang@mail.kib.ac.cn)
Chen Jiahui (chenjh@mail.kib.ac.cn)
Geographical scopeYunnan Province (E97°31′~106°12′,N21°08′~29°15′)
Data volume6.79 MB
Data format*.pdf
Data service systemhttp://www.sciencedb.cn/dataSet/handle/489
Sources of fundingCataloguing of Yunnan Biota, Environmental Conservation Department of Yunnan (2016) (530007081508006); Project of Integrated Service and iFlora of the Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences; Plant Big Data Platform and iFlora of the Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences (KIB2016005).
Dataset compositionThis dataset covers seed plants of 16,064 species (including infraspecies) affiliated to 2,392 genera under 253 families, including 113 species of gymnosperms affiliated to 25 genera under 9 families, and 15,951 species of angiosperms affiliated to 2,367 genera under 244 families. The dataset includes information on the plants’ family name in Latin, family name in Chinese, species name in Latin, and species name in Chinese.
引 言
云南独特的地理位置、复杂的地形地貌和多样的生态环境为不同生态需求的植物提供了广袤的生存空间,其素有“植物王国”的美誉,被认为是世界三个生物多样性热点地区即喜马拉雅地区、中国西南山地、印度—马来的交汇带,受到世界极大关注[1-3]。依据万本太等[4]提出的生物多样性综合评价等级,云南当之无愧位列“优级”。就全国范围而言,云南省的生物多样性编目工作走在了前列,持续受到国内外植物学家和环境保护工作者的高度关注[5]。随着近年来云南省生物多样性调查和研究的深入,大量的新分类群被发现并发表,其中大部分为新种,部分为新属,甚至还有通过研究提升为新科的类群,如节蒴木科(Borthwickiaceae)[6]。据我们的不完全统计,近年来,在云南每年约有20个新物种被发现或描述。
近20年来,植物分类学和系统学研究不断取得新的进展,基于分子系统学研究的被子植物APG系统(I-IV)被提出并不断完善,Christenhusz等人提出了一个裸子植物的新系统(简称“克氏系统”)[7-8]。但对于分类系统以分子证据为主还是以形态证据为主的争议并没有停止。同时,生物多样性编目研究的深入,包括《云南植物志》等志书记载的大量科、属和种范围界定和系统位置发生变化,小科属的合并、大科属的拆分,以及种在科属间的转移、归并等,导致各类志书、多样性编目专著及科考报告等因各自所采用的分类系统不同,其科、属和种级范畴的界定更是五花八门。显然,各类植物分类学专著和志书的不同分类处理APG等新系统所导致的分类系统和分类处理的不一致给生命科学及农业、林业、医药和环境科学研究与保护以及政府管理工作者对植物名称的使用带来了不便甚至混乱。因此,综合最新的植物分类学和系统学研究成果文献以及APG等新系统,系统地整理云南种子植物名录显得十分迫切,这项工作不仅是植物系统学学科发展的需要,也是生态学、生物多样性与保护和生物地理学等学科进一步研究的基石。
本数据集在参考《云南植物志》《Flora of China》等资料的基础上,对云南的种子植物科、属、种进行系统而全面的收录和汇总,尽可能地整合最新的研究成果,同时听取各类群专家意见,整理出了一套完整的《云南省种子植物物种名录》(以下简称“《名录》”)。
1   数据采集和处理方法
1.1   数据来源
本数据集的基础数据主要来源于《云南植物志》各卷册和《云南种子植物名录》,同时补充了以下几方面的内容:①《中国植物志》《Flora of China》《中国种子植物科属词典》等志书记载的云南有分布的物种名称。②最新发表的分类修订、分子系统发育和云南发现和发表的新类群和新记录物种等期刊文献中记录的名称。其中,云南新种和新记录文献收集自1984年后迄今。③出版的云南省境内的地方植物志、保护区科考报告、区域性生物多样性专著(如《横断山高山冰缘带种子植物》)等记录的物种名称。④中国科学院昆明植物研究所标本馆(KUN)、中国科学院植物研究所标本馆(PE)、中科院成都生物研究所标本馆(CDBI)、四川大学生命科学学院植物标本馆(SZ)、中国科学院西北高原生物研究所青藏高原生物标本馆(HNWP)、西双版纳植物园标本馆(HITBC)、云南大学标本馆(YUKU)、西南林业大学标本馆(SWFC)等标本馆,以及中国数字植物标本馆(CVH,http://www.cvh.org.cn)、国家标本平台(NSII,http://www.nsii.org.cn/2017/home.php)、中国自然标本馆(CFH,http://www.nature-museum.net)等网络数据中记录的云南分布的物种名称。⑤最后,我们还整合了我们近年的野外考察成果和专家建议的观点。对于历史上曾经出现过的,但在《云南植物志》《中国植物志》《Flora of China》中未提及或处理为异名的属种名称,如《科属词典》《中国被子植物科属综论》及国内分类学相关期刊中出现的名称,我们也尽可能地加以收录,并作为原始数据。同时,我们也尽可能地收集了过去错误记载的云南产和非云南产名称。此外,我们还纠正了存在名称拼写错误(主要见于《云南植物志》《中国植物志》《Flora of China》及地方植物志或专著)的物种,如豨莶属(Sigesbeckia)被错误拼写为“Siegesbeckia”等。收录以上所有物种名称信息数据以便于后续处理。
1.2   数据审核方法、标准
(1)通过异名库对所有名称进行初步异名处理
通过Tropicos(http://www.tropicos.org)、The Plant List(http://www.theplantlist.org/)、物种2000(http://www.sp2000.cn/joaen/index.php)、Flora of China(http://www.efloras.org/flora_page.aspx?flora_id=2)等数据库平台进行初步异名匹配和处理。再由工作人员对所有的异名和无法匹配的名称逐一进行初审。据此整理出《云南种子植物名录》的学名列表及处理意见,以提交专家审核。
(2)参照最新的分子系统学和分类学成果决定启用的名称和系统位置
我们对科、属范畴的界定尽量参照最新的分类学和系统学研究成果,裸子植物系统采用《Flora of China》系统,被子植物系统采用APG Ⅳ系统[9]
(3)优先采用相应类群的分类学专家的审核意见
考虑到不同的植物分类学家对其所研究的植物类群在分类学、系统学以及最新的研究进展等的掌握往往要远多于非该类群的分类学家,对其所研究的植物类群往往具有更深的理解。故我们优先采用类群专家的意见,但专家对于我们所提出的处理意见如有不同意见,需要提供理由。
(4)《云南植物志》发表的新物种处理原则
《云南植物志》在编写时命名了部分新物种。对于这部分名称,我们通过查阅《云南植物志》的原始描述,视其描述的情况作删除或保留处理。所有被列入不合格发表的新物种,在本数据集中一律不予采纳。
(5)种下等级处理原则
为了更加精细化体现云南植物多样性,我们采用变种或亚种的概念。并且,当一个种的种下有2个以上的亚种或变种,若仅仅是某变种/亚种(包括原变种/亚种)分布于云南,则我们仅收录该变种/亚种。但是在做物种统计时,若该物种仅有变种/亚种分布于云南而其原变种/原亚种不分布于云南时,我们将其作为种来统计。
(6)选用科属种中文名的主要原则
选用的类群中文名优先依据2015年由环保部和中国科学院联合发布的《中国生物多样性红色名录·高等植物卷》中的中文名称,但有所修订。对于《中国生物多样性红色名录·高等植物卷》因各种原因没有记载或者无法匹配时,我们依次优先采用《云南植物志》和《Flora of China》所记载的中文名。对于发表在英文期刊的新种和中国新记录种没有中文名的,我们根据种加词的译意新拟中文名。
1.3   审核流程
《名录》审核分为工作组初审、专家会审和函评、终审三个流程。
(1)工作组初审
初审主要由工作组完成,即根据以上原则对云南省记录的所有物种名称进行逐一审核。
(2)专家审核采用“会议评审”和“函评审核”两种形式
会议评审:邀请云南省内外有关植物分类学专家在中科院昆明植物所进行2次《名录》专家审核会。专家组成员提出质疑,由工作组成员根据专家意见进行审核和修改。
函评审核:对因故不能参会的专家,以及一些专科专属的专家,通过电子邮件的方式邀请专家对相应的科属进行审核。由专家出具书面审核意见和建议。工作组据此进行修改、调整和完善。
(3)终审
所有审核意见汇总并修改完善后,工作组再根据专家的意见对所有名录进行逐一核实、审校和完善,对名录进行去除重复等处理,排除编辑和排版中出现的错误,最终拟定《名录》初稿;同时完善审核依据,在提供每个物种的原始资料和信息的基础上,形成最终评估报告,最后递交专家委员会审定。
2   数据样本描述
数据集包括云南省种子植物253科2392属16064种(含种下等级,不含种下等级的物种数为14538种)。其中,云南省裸子植物9科25属113种(含种下等级,不含种下等级的物种数为105种);被子植物244科2 367属15951种(含种下等级,不含种下等级的物种数为14433种)。数据内容由4部分数据组成,分别为拉丁科名、中文科名、学名、中文名。




图2   云南省被子植物数据集
3   数据质量控制和评估
为了保证数据的质量,在对云南省种子植物评价和审核的过程中组建了顾问委员会、核心专家组、工作组。
顾问委员会:由中华人民共和国濒危物种科学委员会、云南濒危物种科学委员会、中国科学院、云南省环境保护厅、云南省林业厅和云南大学等高校的15位专家组成。其中,院士6位,对评估过程进行指导,并形成长效机制。
核心专家组:由国内外11个科研院所及高校的28位资深专家组成。其中,国际专家1人,具高级职称24人。
工作组:由中国科学院昆明植物研究所和吉首大学研究人员组成。
4   数据价值
本数据集是迄今为止云南省最权威、最准确的种子植物物种名录,为今后开展云南省种子植物的物种研究,生物多样性的保护、科学利用、各级政府部门生物多样性相关管理和决策提供了科学依据。
5   数据使用方法和建议
本数据集结构较为简单,包含4个字段的信息,在Science Data Bank的链接地址为http://www.sciencedb.cn/dataSet/handle/489。如对名录有超出数据集及所包含信息的需求,请联系本文通讯作者陈家辉或孙航,邮箱:chenjh@mail.kib.ac.cn,sunhang@mail.kib.ac.cn。目前本数据集已建成专题数据库(http://bio360.kun.ac.cn/index/special),本数据库将持续进行数据更新和功能完善,以建成云南生物物种名录的信息服务平台。
致 谢
感谢参与云南省种子植物名录评估和审核工作的顾问委员会和核心专家组的所有人员提供的悉心指导和宝贵建议。
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数据引用格式
陈家辉, 邓涛, 张代贵, 等. 云南省种子植物名录数据集[DB/OL]. Science Data Bank, 2017. (2018-01-16). DOI: 10.11922/sciencedb.489.
稿件与作者信息
论文引用格式
陈家辉, 邓涛, 张代贵, 等. 云南省种子植物名录数据集[J/OL]. 中国科学数据, 2018, 3(1). (2018-02-24). DOI: 10.11922/csdata.2017.18.zh.
陈家辉
Chen Jiahui
主要承担工作:项目组织、管理与数据审核。
chenjh@mail.kib.ac.cn
陈家辉(1977—),男,江西人,副研究员,研究方向为植物分类学与系统演化。
邓涛
Deng Tao
主要承担工作:项目管理与数据审核。
邓涛(1985—),男,湖南人,工程师,研究方向为植物分类学与生物地理学。
张代贵
Zhang Daigui
主要承担工作:数据收集与审核。
张代贵(1963—),男,湖南人,教授,研究方向为植物分类学。
乐霁培
Yue Jipei
主要承担工作:数据收集与审核。
乐霁培(1974—),男,云南人,研究员,研究方向为植物分类学与系统演化。
周卓
Zhou Zhuo
主要承担工作:数据收集与审核。
周卓(1986—),男,湖北人,助理研究员,研究方向为植物分类学与生物地理学。
孙露
Sun Lun
主要承担工作:数据收集与审核。
孙露(1990—),男,安徽人,博士生,研究方向为植物分类学与生物地理学。
李彦波
Li Yanbo
主要承担工作:数据收集与审核。
李彦波(1992—),男,云南人,助理研究员,研究方向为植物分类学与生物地理学。
李文庆
Li Wenqing
主要承担工作:数据收集与分析。
李文庆(1990—),女,云南人,研究实习员,研究方向为植物地理与遥感。
史鸣明
Shi Mingming
主要承担工作:项目管理、数据收集与分析。
史鸣明(1993—),男,云南人,研究实习员,研究方向为计算机。
孙航
Sun Hang
主要承担工作:项目组织、管理与数据审核。
sunhang@mail.kib.ac.cn
孙航(1963—),男,云南人,研究员,研究方向为植物分类学与生物地理学。
出版历史
I区发布时间:2017年10月30日 ( 版本ZH1
II区出版时间:2018年3月1日 ( 版本ZH3
最近更新时间:2018年8月18日 ( 版本ZH4
翻译版出版时间:2018年2月28日 ( 版本EN1
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中国科学数据
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